Когда Генрих Тюдор стал королем Англии, главной фигурой на ирландской политической сцене был йоркист Джеральд, 8-й эрл Килдэрский, который, по-видимому, имел намерение править Ирландией, объединив ирландцев и колонистов на основе их общих интересов. Поначалу Генрих VII, далеко не уверенный в прочности своего положения на троне, не предпринимал никаких действий в отношении Ирландии, но когда Килдэр поддержал Ламберта Симнела и Перкина Уорбека, йоркских претендентов на трон, король предпринял ответные меры. Он направил в Ирландию армию под командованием сэра Эдуарда Пойнингса. Килдэр был арестован, в 1495 в Дрохеде был созван парламент, который объявил, что отныне все государственные учреждения Ирландии будут образовываться по воле короля. Был принят акт (закон Пойнингса), по которому парламент мог созываться только с согласия короны; ни один билль не мог рассматриваться без королевского соизволения; на Ирландию было распространено действие всего корпуса английских законов. Вначале этот статут не имел большого значения, поскольку был направлен конкретно против Килдэра, которому вскоре разрешили вернуться в Ирландию в качестве наместника. Однако позднее, когда английские законы были введены на территории всей Ирландии, ограничение, касавшееся ирландского парламента, встретило широкую оппозицию. Правление Килдэров закончилось в правление Генриха VIII (1509–1547), который предпочитал ставить наместниками Ирландии англичан, а не местную англо-ирландскую знать. Но дух ирландского сопротивления не иссякал, и попытки Генриха отделить Ирландскую церковь от папской власти только усилили недовольство. В этих обстоятельствах он предпочел политику примирения. Признав права собственности за представителями кланов и пожаловав некоторым из них землю, ранее конфискованную у монастырей, он обеспечил поддержку кланами своей власти. Пользуясь этой поддержкой, Генрих намеревался распространить англиканскую реформацию на всей территории Ирландии. При королеве Марии (правила в 1553–1558), как и в Англии, в Ирландии произошло возвращение к признанию духовной супрематии Рима, однако конфискованные аббатства возвращены не были. При ней началось также распространение практики английских плантаций, подрывавшей хозяйство местного населения и заменявшей ирландцев поселенцами из Британии, которые работали на пожалованных лендлордам землях, конфискованных у ирландской знати.

Когда трон заняла королева Елизавета (правила в 1558–1603), она столкнулась с двумя главными ирландскими проблемами. Первая заключалась в том, что в Реформации в Ирландии не получилось. Католицизм оказался частью ирландского национального самосознания, и ирландцы не желали проводить никаких церковных реформ. Вдобавок нарастала оппозиция против английского господства, ставшего особенно агрессивным в последние годы. Одной из самых мятежных провинций был Ольстер, где Шан О'Нейл (отец которого подчинился Генриху) отказался признать свои земли владением короны. Шан добился успехов в борьбе против англичан, однако, попытавшись установить контроль над всем Ольстером, встретил свою смерть (1567) от рук шотландских Мак-Доннелсов, которые поселились вокруг Лондодерри. Елизавета решила, что наступил подходящий момент для того, чтобы заселить Ольстер англичанами, и вся территория области была конфискована в пользу короны. Это вызвало восстание католиков в Манстере, поддержанное Испанией. Когда оно было подавлено, на земли провинции пришли первые английские колонисты; местное население, чтобы остаться, должно было вносить арендную плату представителям короны. Елизавета вновь попыталась колонизировать Ольстер, но сопротивление Гуга О'Нейла, графа Тирона, помешало осуществлению ее планов. После того, как ее фаворит Эссекс не сумел подавить восстание, его преемник лорд Маунтджой, искоренив оппозицию, проложил путь для установления верховенства английских законов и институтов власти на всей территории острова.

Стюарты. 

Яков I (правил в 1603–1625) продолжил елизаветинскую политику насаждения англиканства и плантаций. Открывались школы, где учили только протестанты, а католиков вынуждали закрывать свои школы. Старые разделения на ирландцев, англо-ирландцев и англичан сменились более важным делением на католиков и протестантов. Отказавшись от своего вероисповедания, даже член коренного ирландского клана мог получить привилегии, полагавшиеся правящему классу. Тем не менее попытки Якова вытеснить римско-католических священников из страны не имели успеха, и большая часть ирландцев оставалась верной своей религии. Естественные лидеры народа, однако, эмигрировали, и эта практика продолжалась почти два столетия. В 1607 графы Тирона и Тирконнеля бежали на континент, поэтому было решено заселить их земли в Ольстере (кроме графств Антрим, Даун и Монахан) англичанами и шотландцами (жившими на Средне-Шотландской низменности). Права ирландцев, которые уже жили на этой земле, игнорировались.

Антрим и Даун уже имели значительное шотландское население, и это, естественно, вызвало приток их шотландских родственников. Тем временем Яков не мог решить, начинать или не начинать преследование ирландских католиков. Это дало им фактически большую степень свободы, их влияние и число продолжало расти. В 1633 Карл I (правил в 1625–1649) сделал наместником сэра Томаса Уэнтворта (позднее графа Страффорда), надеявшегося навести порядок в стране и превратить ее в источник поддержки для Карла в случае возникновения конфликта с английским парламентом. В этом он не достиг успеха. Ирландцам был не по душе автократический режим Карла, и сам он не собирался останавливать продолжавшиеся конфискации ирландских земель. В результате во главе с Рори О'Мором и Фелимом О'Нейлом ирландцы восстали. Вскоре к ним присоединились католики-англичане из Пейла, которые были возмущены политикой ирландского правительства, осуществлявшейся в интересах протестантов. Образованная тогда же «Всеобщая ассоциация католиков-конфедератов» одержала ряд побед над войсками Карла. Герцог Ормонд, преемник Уэнтворта, опасаясь полной победы конфедератов, в 1647 передал власть в руки представителей парламента.

Продолжение