Результатом победы турок под Мохачем в 1526 явился раздел Венгерского королевства на три региона: центральный под властью турок, Трансильванию под управлением местных князей и т.н. Королевскую Венгрию под властью Габсбургов; в составе последней оказалась и Словакия. Словакия занимала центральное положение в Венгерском королевстве, а Братислава являлась столицей Габсбургов до окончательного изгнания турок и освобождения всей Венгрии в конце 17 в. В регионе получило распространение протестантство, но при Габсбургах активизировались силы католической Контрреформации.

Период просвещенного абсолютизма при императоре Иосифе II (правил в 1765–1790) имел особенно важное значение для развития Словакии. Хотя социальные реформы и религиозная терпимость оказали благоприятное влияние на Словакию, введение немецкого языка в Венгрии вызвало возмущение местного населения, что в свою очередь подействовало на словаков. Рост венгерского национального самосознания способствовал словацкому национальному возрождению; подобное движение происходило и среди чехов. Такие словацкие писатели, как Ян Коллар и Йозеф Шафарик, сыграли одинаково важную роль и в чешском, и в словацком возрождении. Оба писали на классическом чешском языке. Некоторые литераторы стали использовать словацкий диалект в качестве литературного языка. Это была реакция на политику Венгрии, которая в 1836 объявила в качестве официального только венгерский язык. В 1845 словацкий литератор и патриот Людовит Штур начал издавать первое периодическое издание на словацком языке – «Словацкую народную газету».

Патриотический подъем и распространение революционных идей в Венгрии продолжали оказывать стимулирующее воздействие на словацкое патриотическое движение. В ходе революции 1848 была разработана программа «Требования словацкого народа» – первое выражение политических требований словаков. Программа призывала использовать словацкий язык в школах, судах, органах местного самоуправления, а также избирать словацкий парламент на основе всеобщего избирательного права. Это привело к противоборству словаков и венгров; некоторые словацкие революционеры перебрались в Прагу. Поражение венгерской революции и победа австрийской реакции не улучшили положения словаков. В 1861 принят «Меморандум словацкого народа», в котором содержалось требование местной автономии. Было основано культурно-просветительское общество «Матица словацкая».

Создание Австро-Венгерской империи (1867) увеличило зависимость словаков от Будапешта. Венгры, воодушевленные идеей объединения своей части империи, с большим рвением проводили политику мадьяризации. Были закрыты «Матица словацкая» и словацкие высшие учебные заведения, словацкий язык был разрешен лишь в начальных школах. Продолжалась политическая дискриминация словаков, словацкие депутаты крайне редко избирались в парламент Венгрии. Отсутствовали механизмы формирования словацкой элиты; роль политического лидера часто брало на себя духовенство. Накануне Первой мировой войны словацкие патриоты тесно сотрудничали с другими народами Австро-Венгерской империи; именно в это время начала принимать четкие очертания идея создания чехословацкого государства.

В годы Первой мировой войны чехи и словаки выступили с требованием единого государства. Словацкий генерал Милан Штефаник вместе с чешскими лидерами Томашем Масариком и Эдуардом Бенешем провели годы войны на Западе, добиваясь поддержки со стороны Франции и Великобритании. В самой Словакии к созданию новой страны призывали священник Андрей Глинка и Вавро Шробар; Милан Годжа стал глашатаем чехословацких и словацких интересов в Вене. Как только движение за независимость набрало силу внутри Словакии и за рубежом, словаки в США выступили с инициативой подписания соглашения с чехами, содержавшего планы создания чехословацкого государства. Питтсбургская декларация 30 мая 1918, подписанная в присутствии Масарика, не имела статуса официального документа; в ней говорилось, что Словакия должна стать автономной частью нового государства с собственным парламентом, администрацией, судебной системой, в качестве официального предполагалось использовать словацкий язык.