Доля славян в населении Македонии снизилась благодаря эмиграции славян в 1690, иммиграции албанцев в течение 16 в. и в период после 1690, а также появлению греков и влахов в городах в 18 и 19 вв. В северной части Македонии во времена Наполеона более половины населения составляли славяне; в южной половине менее трети населения – славяне и около трети – греки. Однако доля греческого населения выросла в результате эллинизации многих влахов и некоторых более зажиточных славян. Как в северной, так и в южной частях Македонии политическая власть была сосредоточена в руках турок, тогда как экономическая власть до 1860 – в руках греков, евреев и влахов.

Формирование славянского национального самосознания в Македонии ускорилось под влиянием роста греческого национального самосознания во время войны за независимость Греции (1821–1829); оно было связано в значительной мере с распространением русского влияния после наполеоновских войн и русско-турецкой войны 1828–1829. Адрианопольский мир (1829), которым закончилась последняя война, разрушил торговую монополию греков на Восточных Балканах.

Враждебно настроенное к греческим иерархам низшее духовенство Македонии стало, вероятно, первым и важным источником распространения славянского самосознания среди македонских славян. Национальное возрождение поощрялось в особенности монастырями Осогово и Лесново. Однако роль духовенства в росте национального самосознания вскоре перешла к славянским ремесленникам и купцам, ведь они, представляя нижний слой среднего класса, конкурировали с греческим высшим слоем среднего класса. Кроме того, после 1860 славянский патриотизм распространился и на светские образованные круги, особенно в Струге и Охриде. Несмотря на эти усилия, значительная часть славянского населения Македонии не обладала национальным самосознанием ни в 1900, ни в 1912, ни в 1945.

Экзархат и ВМРО. 

В 1870 османское правительство уступило российскому давлению и дало разрешение на учреждение Болгарского экзархата. Первоначально главными целями экзархата стали поощрение употребления славянского языка в церковном богослужении и создание национального духовенства вместо старого иностранного (греческого). Однако многие болгары и болгаризированные македонцы использовали новую церковную организацию и новые болгарские школы для воспитания болгарского национального самосознания среди славян Македонии. После 1890 в Македонии соперничали греческая, болгарская, сербская и румынская православные церкви.

В 1876 восстание христианского крестьянства Боснии и Герцеговины распространилось на районы Македонии и Болгарии, где оно было жестоко подавлено турками. В Салониках мусульмане убили французского и германского консулов. После русско-турецкой войны 1877 был заключен Сан-Стефанский мир (1878), который предусматривал создание Великой Болгарии с включением в нее всей Македонии, за исключением Салоник. После вмешательства Великобритании и Австрии условия Сан-Стефанского мира были пересмотрены на Берлинском конгрессе в том же году, и Македония осталась в составе Турции.

После 1885 в Салониках, Пловдиве и Софии были организованы македонские революционные кружки. В 1893 два македонских учителя (Гоце Делчев и Дамян Груев) основали тайное общество в Салониках – Внутреннюю македонскую революционную организацию (ВМРО). Делчев, Груев и их сторонники Яне Санданский и Георче Петров считали, что Македония может добиться освобождения только в результате внутренней революции, в которую будет вовлечена основная масса населения. Формирование этой организации произошло в 1894, после создания первой социалистической группы рабочих Македонии, основанной в Велесе (совр. Титов-Велес) плотником Василем Главиновым, работавшим в Болгарии. В этом же году при болгарском царском дворе был сформирован т.н. Верховный революционный комитет, членами которого стали офицеры болгарской армии и ряд македонских эмигрантов. Комитет стремился убедить македонских славян в том, что Македония может освободиться только благодаря болгарскому вмешательству.

ВМРО возникла как результат светского движения среди ремесленников и молодежи. Она изначально была враждебно настроена к экзархату и его руководителям – государственным чиновникам Болгарии. Это движение за македонскую автономию выступало против любой формы болгарской власти. Однако вскоре в ряды ВМРО стали проникать супремисты – агенты болгарского Верховного революционного комитета; положение ВМРО осложнилось после решения греческого, румынского и сербского государств финансировать пропаганду в пользу своих притязаний на Македонию и организовать свои собственные партизанские отряды для пресечения деятельности болгарских войск.

К 1902 ВМРО распалась на две враждебные фракции: правое крыло выступало за присоединение к Болгарии, а левое крыло – за автономию Македонии в рамках Балканской федерации. На тайном съезде в начале 1903 приверженцы болгарских супремистов в ВМРО убедили делегатов в необходимости поднять восстание. Оно началось 2 августа в юго-западном районе Македонии (Битольский вилайет, совр. Битола). Против 30 тыс. восставших турки послали армию в 300 тыс. солдат. Восстание, получившее название Илинденского (потому что было начато в Ильин день), продолжалось два месяца и потерпело поражение. В ходе восстания его лидер Никола Карев провозгласил социалистическую республику в горном влахо-славянском городе Крушево; после двенадцати дней ее существования турки ликвидировали Крушевскую республику. Вскоре ВМРО почти целиком перешла под контроль сторонников болгарской гегемонии, а тысячи македонцев из района восстания эмигрировали в Болгарию, Сербию и США.

Раздел. 

В 1912 Сербия, Болгария, Греция и Черногория создали военный союз с целью развязать войну против Турции (1-я Балканская война), за которой последовала война с Италией в Триполитании и восстание в Албании. Союзники добились крупных военных успехов, и вся Македония была освобождена. Однако победители не смогли договориться о разделе освобожденных территорий.

Сербия, выходу которой к Адриатическому морю препятствовала Австрия, хотела получить большую долю Македонии; часть ее, как предполагалось, должна была отойти Болгарии в соответствии с секретным сербско-болгарским договором 1912. Сербия была готова обратиться для разрешения сербско-болгарского территориального спора к русскому царю как к посреднику, в соответствии с условиями договора. Однако болгарские войска напали на Сербию. После этого Греция, Румыния и Турция, каждая из которых защищала свои собственные интересы, вступили в войну на стороне Сербии. В результате 2-й Балканской войны (1913) Болгария потеряла территории на всех направлениях. Чтобы добиться реванша, болгарское правительство во время Первой мировой войны присоединилось к центрально-европейским державам, выступило против Сербии и Греции и оккупировало Сербскую (Вардарскую) Македонию и часть Эгейской (Греческой) Македонии. После поражения Германии и ее союзников Болгария была вынуждена вернуть оккупированные области и уступить некоторые дополнительные территории Греции и Сербии.

После Первой мировой войны ВМРО стала снова проявлять активность, посылая вооруженные отряды (комитадиис) из Болгарии в греческую и югославскую Македонию для проведения террористических актов против чиновников, а также симпатизирующих им местных жителей. В 1923 боевики ВМРО убили крестьянского лидера, премьер-министра Болгарии Александра Стамболийского, поддерживавшего дружеские отношения с Югославией. В 1924 лидерство в ВМРО перешло к Ивану Михайлову. Михайлов организовал убийство многочисленных политических оппонентов даже на улицах Софии, способствовал тайному заговору с целью убийства югославского короля Александра в 1934. В течение десяти лет (1924–1934) он являлся фактическим диктатором болгарской Македонии, что отвечало интересам многих важных лиц в Софии. Однако в 1934 болгарская военная диктатура пресекла деятельность ВМРО, Михайлов вскоре бежал в Турцию. После этого отношения Болгарии с Грецией и Югославией улучшились.