В результате вмешательства англичан на стороне боровшейся с испанцами нидерландской республики Соединенных провинций англо-испанские отношения обострились до предела. Испанский король Филипп II еще в 1585 году стал готовить большой флот, названный "Непобедимой Армадой". Она должна была высадить на Британских островах экспедиционный корпус из состава армии наместника Нидерландов Александра Фарнезе. Для того, чтобы подготовить базу на голландском побережье, войска Фарнезе осадили и 5 августа 1587 года захватили порт Слейс, оборонявшийся английским гарнизоном. Однако в том же 1587 году английская эскадра адмирала Френсиса Дрейка совершила налет на Кадис, где базировалась "Непобедимая Армада", и уничтожила около 100 кораблей. Это нападение отсрочило поход испанского флота к британским берегам.

      Во Фландрии строились небольшие плоскодонные суда, на которых предполагалось перебросить войска на корабли "Армады". Был прорыт канал из Сас-ван-Гент в Брюгге и углублен фарватер Иперле от Брюгге до Ньюпорта, чтобы подходящие к берегу суда не попадали под огонь голландского флота или пушек крепости Флиссинген. Из Испании, Италии, Германии и Бургундии перебрасывались войска и стекались добровольцы, желавшие принять участие в экспедиции против Англии.

      Фарнезе видел, что имевшиеся в распоряжении испанцев гавани Дюнкерка, Ньюпорта и Слейса слишком мелки, для того, чтобы в них могли войти суда "Армады". Он предлагал перед отправкой флота к побережью Англии захватить более глубоководный порт Флиссинген. Однако Филипп торопился как можно скорее утвердиться на Британских островах.

      20 мая 1588 года "Непобедимая Армада" в составе шести эскадр вышла в море из устья реки Тахо. Всего испанцы располагали 75 военными и 57 транспортными судами, на борту которых находилось 8 тысяч матросов, 2 тысячи невольников-гребцов, 19 тысяч солдат, тысяча офицеров, 300 священников и 85 врачей. У англичан было 197 меньших по размеру судов с 15 тысячами человек экипажа. По уровню подготовки английские моряки превосходили испанских. "Армада" подвергалась постоянным нападениям более легких и маневренных английских судов адмирала Дрейка. Англичане полагались на превосходство своей артиллерии, а испанцы, обладавшие превосходством в пехоте, - на абордажный бой. 28 июля на подступах к Кале английские суда атаковали испанский флот, потопив 16 кораблей, но, израсходовав боеприпасы, вынуждены были прекратить сражение.

      6 августа "Непобедимая Армада" под командованием Медина Сидонья прибыла в Кале. Армия Фарнезе ждала на берегу, чтобы погрузиться на корабли. Однако все нидерландские порты были блокированы голландским флотом, к тому же испанские суда из-за своей глубокой осадки не смогли приблизиться к побережью. 9 августа "Непобедимая Армада" повернула на север. Когда она огибала Англию, разразился сильнейший шторм и почти половина испанских кораблей погибла. В Испанию вернулось только 10 тысяч человек на 63 кораблях.

      Формальный мирный договор между Испанией и Англией был заключен в 1604 году, уже после смерти королевы Елизаветы. Испанский король был вынужден отказаться от претензий на английский трон и на восстановление в Англии католицизма.